El Departamento posee en forma general cuatro grupos de suelos asociados al paisaje: Cordillera, contiene los suelos de páramo, de piso frío, de piso templado y de piso cálido húmedo, poseen un buen drenaje pero su fertilidad es baja; Piedemonte, con suelos de abanicos y colinas; de Llanura aluvial, conteniendo suelos de vegas no anegadizos, de diques, de bajos y de vegas inundables; y de Llanura eólica, que comprende los suelos de escarceos y de médanos .
La sabana compuesta por texturas muy finas en sus suelos, presenta limitantes para uso agrícola debido a la baja capacidad de infiltración del agua, susceptibilidad a la erosión, encostramiento superficial y compactación por mal empleo de maquinaria en épocas climáticas inapropiadas, y el tradicional pisoteo del ganado, complementado con las quemas.
Los suelos del Piedemonte han poseído tradicionalmente una fertilidad natural mayor permitiendo el desarrollo de cultivos. Sin embargo, la utilización de prácticas inapropiadas y la implementación de sistemas de producción en conflicto con la oferta ambiental existente, están atentando peligrosamente en contra de su sustentabilidad.
Los suelos de Cordillera donde predomina la fracción de arena son menos fértiles para la agricultura tradicional, sus taludes son inestables y susceptibles a la erosión, una vez se ha destruido su cobertura de amarre y conservación natural. Estos suelos son los más frágiles del Departamento y su conservación es un determinante para el equilibrio ambiental de la región.
Desde el punto de vista agrológico el Departamento presenta 24 Unidades Biofísicas de Tierra (UBT) sobre las cuales CORPOICA ha evaluado la aptitud biofísica para 18 Tipos de Utilización de la Tierra, de acuerdo a características de acidez, materia orgánica, clima y vegetación, entre otros (Ver mapa No 3 Unidades Agrológicas).